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Topic: SNOMED Attribute
Mareike Przysucha (Apr 22 2020 at 11:23):
Hallo zusammen. Ich habe eine Frage zu SNOMED-CT Attributen. Ich möchte gerne "Rollstuhl mit Kissen" ausdrücken und habe den code 58938008:20401003=466492009 erstellt: Bedeutung quasi Rollstuhl:mit=Kissen. Jetzt stellen sich mir zwei Fragen:
- Ist das so korrekt?
- Ich habe irgendwo gelesen, dass man unapproved attributes nicht verwenden soll? Stimmt das? Wenn ja: warum, und welche Alternativen gibt es?
Danke für Eure Hilfe.
Julian Sass (Apr 22 2020 at 11:52):
Glaube Physical object hat keine erlaubten Attribute. Siehe hier: https://confluence.ihtsdotools.org/pages/viewpage.action?pageId=71172329
Vielleicht als Multiple Focus Concept (58938008+466492009)? Vgl. hier: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCSCG/6.2+Multiple+Focus+Concepts
Julian Sass (Apr 22 2020 at 11:53):
Was meinst du @Cora Drenkhahn?
Cora Drenkhahn (Apr 22 2020 at 12:32):
Richtig, für Physical Object gibt es derzeit kein Concept Model.
Die Multiple Focus Concepts-Idee könnte eine Behelfslösung sein; allerdings finde ich das inhaltlich leicht fragwürdig (Rollstuhl mit Kissen ISA Rollstuhl-Kissen).
Ansonsten: Wenn möglich und nötig, einfach ein neues Concept beantragen. Noch wäre es rechtzeitig für die nächste Version.
Mareike Przysucha (Apr 22 2020 at 13:02):
Danke @Julian Sass und @Cora Drenkhahn, dann weiß ich, dass mein Gefühl, dass es falsch ist, richtig war.
Ich nutze den Code aktuell in unserem IG als Beispiel, an dem ich aber auch nicht sonderlich hänge. Bevor ich da Probleme verursache, nehme ich eher das Beispiel raus.
Mareike Przysucha (Nov 09 2020 at 11:05):
Hallo zusammen.
Da es hier gerade gut passt, eine weitere Frage zu Postkoordination in SNOMED CT. Ich möchte "Kausaltherapie" ausdrücken. Leider scheint es dafür nichts zu geben, oder bin ich gerade zu unfähig, dies zu finden? Ausgangspunkt wäre vermutlich Procedure, da ich für Regime/Therapy kein Concept Model finden konnte. Aber der Punkt "Kausal" scheint das Problem zu sein. Hat da jemand Ideen / Ansätze?
Zur Einordnung: Es geht um Wunden. Die Wundversorgung ist Lokaltherapie, die Versorgung der zugrundeliegenden Erkrankung (z.B. Diabetes, CVI, PAVK) ist die Kausaltherapie. Ich möchte Codes zusammenstellen, um die einzelnen Maßnahmen kategorisieren zu können (Procedure.category).
Danke im Voraus für Unterstützung.
Cora Drenkhahn (Nov 12 2020 at 13:19):
Hey,
das sieht auch meiner Meinung nach schlecht aus, hierfür einen passenden postkoordinierten Ausdruck zu erstellen.
Prinzipiell müsste das über Procedure mit has intent funktionieren, dummerweise gibt es in den erlaubten Qualifier Values nichts in Richtung "causal therapy". Zwei Unterkonzepte unter 373808002 |Curative - procedure intent (qualifier value)| wären hier hilfreich.
Wenn es um spezifische Prozeduren geht, kann man vielleicht noch Unterscheidungen mit has focus und kombinierten Disorders hinbekommen:
71388002 |Procedure|: 363702006 |Has focus| = (73211009 |Diabetes mellitus| : 116676008 |Associated morphology| = 13924000 |Wound|) <>
71388002 |Procedure|: 363702006 |Has focus| = (416462003 |Wound (disorder)| : 42752001 |Due to (attribute)| = 73211009 |Diabetes mellitus|)
Für Regime/Therapy gilt übrigens dasselbe Concept Model wie für Procedure.
Hilft das alles irgendwie weiter?
Mareike Przysucha (Nov 12 2020 at 15:08):
Super, danke für die Rückmeldung, auch wenn es natürlich schade ist, dass man die Maßnahmen nicht entsprechend kontextabhängig katgegorisieren kann.
Einen ähnlichen Ansatz wie vorgeschlagen hatten wir auch schon andiskutiert. Ein Kollege von mir (@Jens Hüsers oder @Jens Hüsers) hat gestern nachmittag vorgeschlagen, dass wir has focus = disease codieren, im möglichst allgemeingültig zu bleiben. Die Maßnahmen der Lokaltherapie hingegen werden noch weiter unterteilt (siehe ProcedureCategory im Simplifier-Projekt). Meint Ihr, das geht?
Cora Drenkhahn (Nov 12 2020 at 16:05):
Die has focus-Variante macht einen guten Eindruck.
Allerdings sehe ich da ein paar andere Probleme in dem ValueSet....
225424005:363702006=(449736004,449747006) ist keine gültige Syntax. Die beiden hinteren Concepts können wenn nur über + kombiniert werden - das wäre allerdings eine Konjunktion. Disjunktion unterstützt die Compositional Grammar auch nicht, siehe hier.
...und ich sehe grade, dass 449736004 und 449747006 für Finding of periwound skin (finding) bzw. 449747006 |Wound edge finding (finding)| stehen. Das sind sogenannte Grouper Concepts, die eigentlich nur zum Organisieren der Hierarchie gedacht sind und nicht zur Kodierung selbst. Hier müsste man streng genommen eines der Unterkonzepte benutzen oder eine ganz andere Lösung finden...
71388002:363703001=346602001 Has Intent 346602001 |Other foods (product)| kommt mir sehr komisch vor. Nach dem Concept Model müsste man hier ein Concept unter 363675004 |Intents (nature of procedure values) (qualifier value)| benutzen, eventuell meintet ihr aber zumindest 74964007 |Other (qualifier value)|.
710150006, 424029000, 225429000siehe oben, Concepts mit + verbinden und Disjunktion nicht möglich.
Da habt ihr ja einen schön komplizierten Bereich erwischt ;)
Mareike Przysucha (Nov 12 2020 at 16:10):
Oups, da habe ich mich an einer Stelle vertippt. Es soll in der Tat 71388002:363703001=74964007 (other statt other food) sein. Danke für den Hinweis.
Mareike Przysucha (Nov 12 2020 at 16:13):
Bei der Sammlung 710150006, 424029000, 225429000 müssen wir uns noch für einen Code entscheiden, daher erst einmal die Sammlung. Das konkretisieren noch. Aber danke für den Hinweis.
Elisabeth Pantazoglou (Nov 12 2020 at 16:14):
Mareike kennst du MRCM und den Parser? https://www.ihtsdo.org/SCT-cg.html - vielleicht hilft das ein wenig bei der Postkodierung?
Mareike Przysucha (Nov 12 2020 at 16:15):
den kannte ich noch nicht. So etwas habe ich gesucht. Danke sehr!!!!
Mareike Przysucha (Nov 12 2020 at 16:18):
Den Periwound-wound edge schaue ich mir noch einmal an. Danke @Cora Drenkhahn für Deine Unterstützung! :hug:
Noemi Deppenwiese (Nov 13 2020 at 13:42):
Ich poste mal meine Postkoordinations-Frage auch hier.
Und zwar geht es darum, dass bestimmte Lungenfuktionstests (z: B. die 28275007 |Total body plethysmography (procedure)|) vor und nach einer Bronchodilation durchgeführt werden. Die Procedure selbst interessiert uns gar nicht, nur die Ergebnisse. Deshalb haben wir eine Observation angelegt, die im Code eben z.B. 28275007 |Total body plethysmography (procedure)| enthält.
Nur wollen wir jetzt noch unterscheiden können, ob es eben eine Post-bronchodilation durchgeführte Messung war. Wir haben folgenden Code gefunden: 255273002 |Post-bronchodilation (qualifier value)|
Leider ist es laut Rückmeldung im SNOMED-Chat nicht möglich, das (Procedure post Bronchodilation) in einem einzelnen postkoordinierten Ausdruck auszudrücken.
Deshalb haben wir überlegt, einfch beide Codes als einzelene codings in das "code" Feld der Observation zu packen. ist natürlich hässlich, da die plethysmography als "Evaluation Procedure" da zwar richtig ist, aber der qualifier value fühlt sich da falsch an. Würdet ihr das trotzdem als legitim ansehen bzw. habt ihr noch andere Vorschläge? Vielen Dank!
Cora Drenkhahn (Nov 16 2020 at 11:16):
Hey @Noemi Deppenwiese ,
das Ganze erinnert mich gleich an das LOINC-SNOMED CT-Mapping und die Darstellung von LOINC Challenges (z.B. 1504-0 als Observable entity : Precondition = Qualifier value (z.B. 703760002 |One hour after fifty grams of glucose by mouth (qualifier value)|).
Wenn du sagst, das Ergebnis sei relevanter als die Procedure selbst, dann wäre eine Observable entity doch auch ein passender Ansatzpunkt, oder? Was genau wäre ein Ergebnis?
Leider sind die Pre-/Post-Bronchodilation-Concepts hier aber auch nicht explizit im Range von Precondition enthalten. Es gibt aber bestehende Concepts, die in gleicher Weise definiert werden müssten (z.B. 271507006 |Peak flow rate after bronchodilation (observable entity)|). Eine Anpassung des Concept Models wäre hier also insgesamt sinnvoll...
Cora Drenkhahn (Nov 16 2020 at 11:16):
Und ja, der Qualifier value im code-Feld fühlt sich für mich auch falsch an
Noemi Deppenwiese (Nov 16 2020 at 11:32):
Vielen Dank für den Input! Es geht tatsächlich um "alle Ergbnisse der Messung". Für die einzelnen Werte haben wir schon Codes (hauptsächlich LOINCs) gefunden. Es geht quasi um den code für die "Klammer-Observation", die dann die einzelnen Werte referenziert.... Von daher bräcuhte man dann eine sehr generische Observable Entity , z.B. 106054005 |Lung volume AND/OR capacity, function (observable entity)|. Und dann könnte man nicht mehr unterscheiden ob die Messung eine Spirometrie oder die Pletysmography war.... Und das Post hätte man trotzdem nicht drin. So richtig begeistert mich da noch keine Lösung :thinking:
Sven Helfer (Nov 16 2020 at 11:40):
Bin ich mal wieder zu doof? Du willst Messwerte (Observations mit LOINCS) einer Messung (technisch) zuordnen. Das wäre dann doch eher eine Procedure im "partOf"...oder?
Sven Helfer (Nov 16 2020 at 11:40):
Also Procedure ginge dann ein Child hiervon: 23426006
Sven Helfer (Nov 16 2020 at 11:41):
(ich verstehe euch immer nicht, wenn ihr so kluges Zeug redet :smirk: )
Noemi Deppenwiese (Nov 16 2020 at 11:49):
Also wir wollten wenn möglich ohne die Procedure auskommen, da uns die eigentlich gar nicht interessiert, nur der Befund :)
Noemi Deppenwiese (Nov 16 2020 at 11:50):
Und die Kinder von 23426006 sind leider auch nicht spezifisch, ob sie ohne, vor oder nach der Bronchodilation durchgeführt wurden.
Cora Drenkhahn (Nov 16 2020 at 11:51):
Ausgehend von der Observable entity ließe sich - theoretisch - die Procedure über das "Characterizes"-Attribut einbinden, auch wenn das nicht ganz die Bedeutung trifft. Schöne Lösungen sind das aber alles nicht.
Ich würd in diesem Fall eine Mail an info@snomed.org schicken und das Problem schildern. Die antworten in der Regel sehr schnell, und wahrscheinlich bekommst du dann neue Concepts erstellt ;)
Noemi Deppenwiese (Nov 16 2020 at 12:11):
:+1: Dankeschön!
Mareike Przysucha (Jan 21 2021 at 14:37):
Hallo zusammen. Ich komme noch einmal auf unser Problem/unsere Fragen vom 12.11. zurück. Dort hat @Cora Drenkhahn - korrekterweise - angemerkt, dass ich 225424005:363702006=(449736004,449747006) trennen muss, dies mache ich lokal gerade. Jedoch hat sie auch angemerkt, dass ich die beiden Codes hinter dem = nicht nehmen kann, da es eigentlich eher "Sammelcodes" sind. Was ich ausdrücken möchte, ist "Maßnahmen zum Wundrand- und -umgebungsschutz". Durch die Trennung haben wir dann "Maßnahmen zum Wundrandschutz" und "Maßnahmen zum Wundumgebungsschutz", ohne dass ich weiß, wie Wundrand und Wundumgebung aussehen. Wenn ich das gerade richtig sehe, geht das nicht, oder ? Danke im Voraus für Eure Rückmeldung!
Cora Drenkhahn (Jan 21 2021 at 15:09):
Hey, wenn ich die Problematik richtig verstehe, dann lässt sich mit zwei Attribute Groups beides passend zu einem Ausdruck kombinieren: 225424005:{363702006=449736004},{363702006=449747006}.
Cora Drenkhahn (Jan 21 2021 at 15:10):
...allerdings bin ich gerade die ursprüngliche Fragestellung noch einmal durchgegangen und würde sagen, dass ich in diesem Fall 225424005 |Protection procedure (procedure)| doch prinzipiell eher mit dem Attribut 363700003 |Direct morphology (attribute)| (Auf welcher Morphologie wird die Prozedur/Methode angewendet?) und einem Unterkonzept von 13924000 |Wound (morphologic abnormality)| (die entsprechende Morphologie) zusammenstellen würde. Auf den ersten Blick finde ich darunter aber leider keine eindeutig passenden Concepts...Also, nur eine Überlegung ;)
Mareike Przysucha (Jan 21 2021 at 15:12):
Danke Cora. Ich werde das einmal bei uns in die Diskussion mitnehmen, ob dies ein gangbarer Weg ist.
Das Problem bei den Codes oben war ja, dass die beiden Codes für "Wundrand" und "Wundumgebung" dazu dienen, die Untercodes zu sammeln. Das Problem könnte man damit umgehen... Ich werde berichten.
Last updated: Apr 12 2022 at 19:14 UTC
