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Topic: verschiedene Fragen zum ETL der Basisdatensatzprofile
Georg Fette (Jun 15 2020 at 10:04):
Hallo,
Wir sind gerade dabei für den Projectathon einige der Basisdatensatzprofile zu befüllen. Dazu hätte ich einige Fragen, die teilweise allgemeiner Natur sind, teilweise auch ziemlich spezifisch:
- Wenn ein Feld auf "min:1" also mandatory gesetzt ist, in den vorliegenden Primärdaten diese Daten jedoch leider nicht vorliegen, dann setzten wir dieses Feld im Moment auf einen Default-Wert (z.B. "xxx"). Wir dokumentieren das ansonsten nur noch zusätzlich in unserer ETL-Dokumentation. Was ist zu so einem Vorgehen zu sagen ?
- Im Profile Diagnose wird die bodySize zwingend verlangt. Hat die jemand wirklich kodiert in seinen Primärdaten ? Ich könnte die für manche Codes aus dem ICD10-Code herausfriemeln (z.B. I50.0 oder I50.1) aber das erscheint mir nicht zielfördernd. Wie befüllt ihr dieses Feld ?
- In welchem Feld des Profils Diagnose legt man solche Informationen ab wie "Aufnahmediagnose" oder "Enlassdiagnose" ?
- Wir haben bei uns ein i.s.h.med-SAP-System als Primärsystem. Wer hat hier alles ebenfalls sowas als Grundlage ? Ich würde mich gerne mit den Leuten aus diesen Standorten austauschen. Man kann sich da doch sicherlich einiges an ETL-Strecken/Problemen teilen.
Grüsse
Georg
Georg Fette (Jun 15 2020 at 10:13):
- neben den "min:1"-Feldern habe ich dann auch noch das Problem mit Feldern die zwar "0..*" sind, für die wir jedoch die Daten nicht haben. Wie kennzeichnet man sowas, dass bei einzelnen Resourcen diese Daten nicht da sind weil sie in der einzelnen Resource nicht da sind, sondern dass die generell nicht da sind ?
Andrea Essenwanger (Jun 15 2020 at 13:29):
Georg Fette said:
Hallo,
Wir sind gerade dabei für den Projectathon einige der Basisdatensatzprofile zu befüllen. Dazu hätte ich einige Fragen, die teilweise allgemeiner Natur sind, teilweise auch ziemlich spezifisch:
- Wenn ein Feld auf "min:1" also mandatory gesetzt ist, in den vorliegenden Primärdaten diese Daten jedoch leider nicht vorliegen, dann setzten wir dieses Feld im Moment auf einen Default-Wert (z.B. "xxx"). Wir dokumentieren das ansonsten nur noch zusätzlich in unserer ETL-Dokumentation. Was ist zu so einem Vorgehen zu sagen ?
bei Pflichtfelder, die nicht befüllt werden können, weil die Daten hierzu nicht im Quellsystem auffindbar sind, wäre es wichtig dies morgen auch in der Projectathon zu sagen. Solche Informationen sind sehr wichtig für die weitere Gestaltung der Basisprofilen. Auch gerne als Issue im Simplifier anlegen, dann können wir dies auch im Kümmerer Team diskutieren und anpassen.
- Im Profile Diagnose wird die bodySize zwingend verlangt. Hat die jemand wirklich kodiert in seinen Primärdaten ? Ich könnte die für manche Codes aus dem ICD10-Code herausfriemeln (z.B. I50.0 oder I50.1) aber das erscheint mir nicht zielfördernd. Wie befüllt ihr dieses Feld ?
@Alexander Zautke @Miriam Hübner
- In welchem Feld des Profils Diagnose legt man solche Informationen ab wie "Aufnahmediagnose" oder "Enlassdiagnose" ?
Die Aufnahme- oder Entlassdiagnose wird über den Versorgungsfall diagnosis.use erfasst.
- Wir haben bei uns ein i.s.h.med-SAP-System als Primärsystem. Wer hat hier alles ebenfalls sowas als Grundlage ? Ich würde mich gerne mit den Leuten aus diesen Standorten austauschen. Man kann sich da doch sicherlich einiges an ETL-Strecken/Problemen teilen.
Grüsse
Georg
@Florian Seidel ?
Andrea Essenwanger (Jun 15 2020 at 13:40):
Georg Fette said:
- neben den "min:1"-Feldern habe ich dann auch noch das Problem mit Feldern die zwar "0..*" sind, für die wir jedoch die Daten nicht haben. Wie kennzeichnet man sowas, dass bei einzelnen Resourcen diese Daten nicht da sind weil sie in der einzelnen Resource nicht da sind, sondern dass die generell nicht da sind ?
Datenelemente mit 0..* sind nicht als verpflichtend anzusehen, weil wir teilweise gedacht hatten, dass diese nicht unbedingt in jedem Quellsystem zu finden sind. Jedoch wäre es aus Dokumentationssicht wichtig, dies zu erfassen. Vllt über den Issuetracker auf Simplifier? (@Alexander Zautke ?)
Florian Seidel (Jun 15 2020 at 13:42):
Hallo Georg,
wir haben ebenfalls i.s.h.med. Automatisierte ETL Strecken liegen allerdings noch in der ToDo Liste. Ich bin trotzdem da sehr für eine Zusammenarbeit zu haben!!! (Wir waren bis vor Kurzem durch den CoVID Demonstrator noch reichlich eingespannt.)
Frank Oemig (Jun 15 2020 at 15:12):
Min:1 bedeutet nicht mandatory. Das heißt nur, dass diese Feld vorhanden und gefüllt sein. Das können dann auch extensions sein.
Mandatory gibt es bei Fhir nicht. Ein Reverseengineering der IGs zeigt aber, dass es etwas Äquivalentes im Zusammenspiel mit extensions gibt, was man so bezeichnen könnte.
Was also in solchen Fällen genau zu tun ist beschreibt der IG.
Alexander Zautke (Jun 15 2020 at 17:40):
Georg Fette said:
Hallo,
Wir sind gerade dabei für den Projectathon einige der Basisdatensatzprofile zu befüllen. Dazu hätte ich einige Fragen, die teilweise allgemeiner Natur sind, teilweise auch ziemlich spezifisch:
- Wenn ein Feld auf "min:1" also mandatory gesetzt ist, in den vorliegenden Primärdaten diese Daten jedoch leider nicht vorliegen, dann setzten wir dieses Feld im Moment auf einen Default-Wert (z.B. "xxx"). Wir dokumentieren das ansonsten nur noch zusätzlich in unserer ETL-Dokumentation. Was ist zu so einem Vorgehen zu sagen ?
Fast :) Im IG unter dem Abschnitt FHIR Profile wird auf die Regeln der IPS verwiesen. Man sollte hier eine data-absent-reason Extension setzen: https://build.fhir.org/ig/HL7/fhir-ips/design.html#required-mustsupport-data-elements. Aber wie @Andrea Essenwanger schon geschrieben hat, bitte gebt am besten hier Bescheid welche Elemente das sind.
- Im Profile Diagnose wird die bodySize zwingend verlangt. Hat die jemand wirklich kodiert in seinen Primärdaten ? Ich könnte die für manche Codes aus dem ICD10-Code herausfriemeln (z.B. I50.0 oder I50.1) aber das erscheint mir nicht zielfördernd. Wie befüllt ihr dieses Feld ?
Condition.bodySite ist im aktuellen Arbeitsstand bereits 0..*.
Josef Schepers (Jun 28 2020 at 16:04):
BodySite, also Körperstelle der Läsion, ist eines der (wenigen) Merkmale, dass wir "als Laterne" ergänzend in das Informationsmodell aufgenommen haben, obwohl es in der Routinedokumentation in Deutschland fast noch nicht vorkommt. Bei Herzvorderwandinfarkten ist die Körperstelle implizit bekannt. Auch bei Ätiologie Masern (+) mit Manifestation Encephalitis (*). Das sind aber nur Beispiele für Ausnahmen.
Üblich ist in Deutschland nur Erfassung der Lokalisation als rechts, links, beidseits, was nicht mit Körperstelle verwechselt werden sollte.
Der Vorschlag des Kümmerteams hat an dieser Stelle die künftige Nutzung von SNOMED CT berücksichtigt - mandatory ist die Nutzung des Merkmals noch nicht.
Axel Biernat (Sep 30 2020 at 16:56):
Bei Cerner starten wir gerade das Programm für die Bereistellung einer FHIR Schnittstelle für i.s.h.med. Ich kann mit diese als eine gute Grundlage für die Datenextraktion vorstellen. Wir wollen dazu demnächst in der DSAG interessierte Kunden einladen.
Last updated: Apr 12 2022 at 19:14 UTC
