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Topic: SARS-CoV-2-Varianten in FHIR
David Meyers (Jan 21 2022 at 10:22):
Die Frage ist sicher nicht neu, konnte jedoch keinen passenden Thread finden:
Wie werden die Covid-Varianten in FHIR (bzw. in KDS-FHIR) persistiert?
Laut https://wiki.gematik.de/display/DSKB/Meldung+von+SARS-CoV-2-Varianten+und+Mutationen+in+DEMIS soll für ein Varianten Screening der LOINC-Code 96741-4 genutzt werden – so weit so gut – jedoch ist mir derzeit unklar wo ich in der Observation-Ressource jenen variantenbeschreibenden Pangolin-Nomenklatur-Code ala B.1.1.7 (oder eine analoge Nomenklatur) unterbringe.
Kann mir jemand hier weiterhelfen? :smile:
Julian Sass (Jan 21 2022 at 12:31):
Haben wir aktuell noch nicht. Ich überlege gerade die Varianten in GECCO einzubauen. Dachte aber anders als in DEMIS nicht als eigenständige Observation, sondern die Varianten als Observation.component von der Test-Observation. Können aber auch eigenständige Observations machen, nur hat die MII Labor Observation keinen valueString, wie von DEMIS genutzt, wenn es für Varianten noch keinen Code gibt.
David Meyers (Jan 26 2022 at 09:00):
Danke für die Antwort!
Wir hatten die Idee den CodeableConcept-Datentypen der Observation.Value für die Notation zu benutzen. Da 1..n Codings zulässig sind, könnte man sowohl nach Pangolin, als auch nach WHO annotieren. Eventuell macht das aber nur an unserem Standort Sinn, da wir die Varianten afaik ausschließlich bei positivem Fällen (per Varianten-PCR) prüfen, sprich die "Corona positiv"-Information aus einem Schwester-Laborbefund beziehen, hier nicht explizit als value brauchen und implizieren können.
Das sähe dann irgendwie so aus (über die System-Namen lässt sich natürlich streiten):
"valueCodeableConcept": {
"coding": [
{
"system": "https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/",
"code": "Delta"
},
{
"system": "https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Virologische_Basisdaten_Varianten_Nomenklatur.html",
"code": "B.1.617.2"
}]}
Sollte sich problemlos gegen das KDS-Profil validieren lassen oder spricht was gegen eine Realisierung im obigem Schema?
Julian Sass (Jan 26 2022 at 09:14):
Finde ich gut @David Meyers. Die LOINC Answers könnte man auch vorgeben: https://loinc.org/LL5768-8/
David Meyers (Jan 26 2022 at 10:08):
Eine Nutzung von LOINC-Codes wäre natürlich erstrebenswert. Allerdings stellt sich hier die Frage, wie häufig obige Liste geupdated wird. Omikron zum Beispiel fehlt dort leider noch komplett.
Julian Sass (Jan 26 2022 at 11:47):
David Meyers said:
Eine Nutzung von LOINC-Codes wäre natürlich erstrebenswert. Allerdings stellt sich hier die Frage, wie häufig obige Liste geupdated wird. Omikron zum Beispiel fehlt dort leider noch komplett.
Ja, dachte ich auch und Updates werden vom halbjährlichen LOINC Release abhängen. Da hatten sie Omikron letztes Mal wohl noch nicht drin.
David Meyers (Mar 10 2022 at 11:27):
Hallo nochmal,
gibt es irgendwelche Vorschläge, welche System-URLs für Pangolin/WHO-Notation genutzt werden sollte? Auf https://build.fhir.org/terminologies-systems.html gibt er erwartungsgemäß nichts in dieser Richtung. Anderenfalls bleiben wir erstmal bei obigen Links auf die Subseiten von RKI/WHO mit den Definitionen bzw. würden diese Links in ein Format ala "https://www.rki.de/pangolin" kürzen.
Julian Sass (Mar 11 2022 at 08:47):
Die Vergabe einer Canonical mit rki.de sollte dem RKI als Eigentümer vorbehalten sein. Ich würde dort anfragen. Ihr müsstet dann ja auch ein CodeSystem mit den Varianten definieren unter der Canonical. Wenn das für ein MII Modul ist, würde ich das MII URL Schema nutzen, solange es nichts von RKI oder WHO gibt. Die LOINC Answer List hat jetzt auch Omikron. Deckt das die Anforderung nicht ab?
Last updated: Apr 12 2022 at 19:14 UTC
