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Topic: MI-Covid: §21 in Fast-Track-i2b2
Georg Fette (Oct 21 2020 at 07:31):
Im NUM/FoDaPl-Projekt im Protokoll der Telko vom 20.10.20 steht unter der Frage wie die §21-Daten in den Fast-Track-i2b2-Knoten gelangen ein Link auf die Datenlieferung von §21. Die Beschreibung unter diesem Link verstehe ich aber irgendwie nicht. Ich kenne §21-Daten als Export als CSV-Datei, die die Tabellenartige Struktur des Datensatzes manifestiert. Ist sowas bei der Befüllung des Fast-Tracks auch zu verwenden ? Oder gibt es wie für die Labor-Werte auch eine Datenbank die den gleichen Datenbestand nur als Datenbank-Tabelle darstellt ?
Marvin Kampf (Oct 21 2020 at 07:32):
Das Tabellenschema in der Staging-Datenbank entspricht exakt dem der CSV-Dateien, mit dem kleinen Unterschied, dass, wenn zwei Spaltennamen einer Tabelle identisch sind, diese mit 1,2,3, .. durchnummeriert werden (z.B. Diagnosesicherheit, Lokalisation in ICD)
Marvin Kampf (Oct 21 2020 at 07:34):
Anfangs hatten wir die Beladung direkt durch die CSV-Dateien unterstützt. In der aktuellen Version müssten diese CSV-Dateien aber eigenhändig in die entsprechenden Staging-DB (postgres) geladen werden
Marvin Kampf (Oct 21 2020 at 07:35):
Georg Fette (Oct 21 2020 at 07:36):
ah, super, danke
Last updated: Apr 12 2022 at 19:14 UTC
