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Topic: Abbildung Qualitative Codierung Laborwerte
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 10:06):
Im Kümmererteam des Moduls Labor diskutieren wir gerade wie man am Besten qualitative Werte als Ergebnisse abbildet, z.B. Positiver Corona-PCR-Test, negativer hCG-Test. Sollten diese Ergebnisse per Obervation.component abgebildet werden? 1. Component: das Messergebnis (z.B. Angabe der Konzentration), 2. Component: valueCodeableConcept mit entweder positive, negative ode Indeterminate result?
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 10:06):
Der Einwand war, dass positive und negative hier nicht die Interpretation des Ergebnisses ist sondern das Ergebnis selbst.
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 10:07):
@Danny Ammon @Andreas Bietenbeck
Noemi Deppenwiese (Apr 12 2021 at 10:31):
Wie ist denn hier die Argumentation, warum das keine Interpretation ist? Ich bekomme ja erst einmal einen Messwert (Konzentration), vergleiche den dann mit Schwellwerten u.ä. und entscheide dann, ob das postitiv oder negativ ist? Da ist ja dann Wissen/Annahmen eingeflossen.
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 10:41):
Nehmen wir den hCG-Test, die Interpretation wäre schwanger, diese Interpretation würde man auf Basis des Values "positiv" erhalten
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 10:43):
@Noemi Deppenwiese Ich stimme deiner Argumentation zu, nur es gab die Meinung, dass es man es als value abbilden sollte
Noemi Deppenwiese (Apr 12 2021 at 10:53):
Gibt es da was von internationaler Seite, wann etwas ein Ergebnis und wann dann schon eine interpretation ist?
(Zu dem konkreten Fall: ich persönlich würde "schwanger" als extra Observation mit "basedOn" abbilden, da da ja nochmal deutlich mehr Hintergrundinfos (kein bekanntes Vorliegen von Gründen, bei denen hCG ohne Schwangerschaft vorhhanden sein kann) einfließen...)
Elisabeth Pantazoglou (Apr 12 2021 at 11:02):
Hallo zusammen, als MTLA kenne ich es so am Bsp. "qualtitativer Schwangerschaftstest" -> das Ergebnis ist entweder "neg" oder "pos". Bei Unsicherheiten haben wir "Kontrolle erwünscht" dokumentiert. Irgendwo habe ich gelesen, dass es als valueString oder valueBoolean lt. FHIR dokumentiert werden soll.
Die Doku "based on" wird m.M.n. über den LOINC Code abgebildet, nml. dass es ein qualitativer Schnelltest war. Weitere Hintergrundinfos sind ja nicht Bestandteil des Tests. Von daher endet der Use case hier für mich.
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:13):
D.h. der Labormesswert wird garnicht dokumentiert da nicht wirklich relevant?
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:15):
"Kontrolle erwünscht" würde ich als Notiz speichern. Für alles weitere hätte man ein CodeableConcept mit SNOMED Codes
Elisabeth Pantazoglou (Apr 12 2021 at 11:16):
Was meinst du mit Labormesswert? Bei qualitativen Tests (idR Schnelltests) hast du nur die Felder pos./neg
dann gibt es noch semiquantitative Tests, da werden Bereiche von bis definiert, je nachdem wie stark die Verfärbung ist. Das wäre m.M. ein codeableConcept
Wir haben im LAbor nie schwanger oder nicht schwanger dokumentiert, sondern wirklich nur den Test bewertet.
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:23):
Mein Verständnis war, dass bei dem Test die Hormonkonzentration gemessen wird, d.h. irgendwas "/l" hätte ich als Ergebnis erwartet. Auf Basis des Referenzbereiches würde ich dann erwarten, dass pos und neg herauskommt.
Elisabeth Pantazoglou (Apr 12 2021 at 11:27):
ok dann reden wir gerade aneinander vorbei. Im Labor wo ich war, gab es entweder die quantitative Analyse mit der Angabe einer Einheit oder den Schnelltest, so wie aus der Apotheke. Bei den quantitativen Tests war manchmal ein Cut off eingerechnet, der das Ergebnis in pos. oder neg. umgewandelt hat. Jetzt bin ich bei euch :smile:
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:31):
Perfekt :D Nein, wir reden hier nur über Labortests, denke nicht (weiß aber nicht!), dass wir deine Art von Schnelltests abbilden
Sven Helfer (Apr 12 2021 at 11:34):
Diese Tests werden hier wahrscheinlich auch abgebildet...wenn ich ne Probe ins Labor schicke, und dort ein Antigen- oder sonstiger qualitativer Test erfolgt, wird das Ergebnis als "positiv" gesendet, einen quantitativen Wert gibt es nicht.
Sven Helfer (Apr 12 2021 at 11:34):
Die tauchen dan auch in den LIS und KIS auf und sind damit für uns relevant.
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:38):
Vorschlag wäre also ein ValueSet mit entsprechenden Codes zu definieren, sodass man dann einheitlich valueCodeableConcept verwenden könnten
Alexander Zautke (Apr 12 2021 at 11:39):
Würden wir noch etwas anderes brauchen außer:
10828004 | Positive (qualifier value)
280416009 | Indeterminate result (qualifier value) |
260385009 | Negative (qualifier value) |
Noemi Deppenwiese (Apr 12 2021 at 11:43):
52101004 |Present (qualifier value)| und die Kinder davon verwenden wir bei uns lokal noch für semiquantitative Werte (+++ usw.)
Ähnliches für Kinder von 272519000 |Absence findings (qualifier value)|... da gibt es noch minimale Unterschiede in der Bedeutung (absent vs not-detected usw.)
Julian Sass (Apr 12 2021 at 12:26):
Detected/Not-detected/inconclusive wie bei den Covid-Tests oft verwendet: https://confluence.ihtsdotools.org/pages/viewpage.action?pageId=106706568
Christof Gessner (Apr 12 2021 at 13:58):
Wir brauchen hier m. E. auch eine Konvention, wie spezifisch die "Testcodes" und die "Answercodes" sein sollen. Es scheint mir eine sehr große Spannbreite zu geben, wie solche "qualitativen Tests" strukturiert beschrieben werden können.
So werden z. B. auf EU-Ebene für den Impfnachweis derzeit sehr spezifische Answercodes vorgeschlagen: SNOMED 1240591000000102 bzw. 1240581000000104. Als Testcode soll hier die Nachweismethode angegeben werden (LOINC LP6464-4, LP217198-3, LP6404-0 etc.), dazu die Probenart (SNOMED 258500001, 119297000, etc.) und außerdem mit 840539006 SNOMED dass es sich um einen COVID-19 bezogenen Test handelt.
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:16):
@Noemi Deppenwiese Die Kinder von 52101004 wären schon im ValueSet für semi-quantitative Ergebnisse enthalten, sodass ich sie vielleicht hier herauslassen würde?
Noemi Deppenwiese (Apr 20 2021 at 13:21):
Also hier https://simplifier.net/medizininformatikinitiative-modullabor/laborergebnis-semiquantitativ fehlen noch die + bis +++ Codes für Skalen mit 4 Pluszeichen und der present Code an sich... Ist die idee, dieses ValueSet zu erweitern oder ein neues aufzusetzen?
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:24):
Oh, die sollten noch dazu kommen
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:24):
Für alles weitere hätte ich ein eigenes ValueSet erstellt
Noemi Deppenwiese (Apr 20 2021 at 13:33):
Es gibt dann also ein "Kern" und ein erweitertes valueSet? Oder verstehe ich das falsch?
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:35):
Ich hätte ein ValueSet für semi-quantitative Ergebnisse gebaut und und eins für qualitative Ergebnisse. Das valueCodeableConcept der Labor-Observation hat kein Binding, deshalb sind die ValueSets immer nur Empfehlungen was verwendet werden kann
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:47):
Das hier wäre mein Vorschlag für das ValueSet für Qualitative Ergebnisse: https://simplifier.net/medizininformatikinitiative-modullabor/valuesetqualitativelaborergebnisse
Noemi Deppenwiese (Apr 20 2021 at 13:48):
Man könnte sich jetzt noch streiten ob 410594000 Definitely not present dann nicht auch in das VS für qualitative Ergebnisse gehört
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:53):
Das VS für semi-quantitative Laborergebnisse ist nun erweitert
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:55):
Noemi Deppenwiese said:
Man könnte sich jetzt noch streiten ob 410594000 Definitely not present dann nicht auch in das VS für qualitative Ergebnisse gehört
Hab's hinzugefügt, sehe jetzt kein Problem darin es in beiden ValueSets zu haben
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:57):
Oder man nimmt es aus dem semi-quantitativen VS heraus?
Alexander Zautke (Apr 20 2021 at 13:57):
Kenne mich da nicht so gut aus, was wie qualifiziert wird
Noemi Deppenwiese (Apr 20 2021 at 14:01):
Skalen von --- usw. habe ich in SNOMED noch nicht gesehen. Irgendwie wird man aber die "Absence" ja codieren müssen... Welcher der zahlreichen Absence codes jetzt am Besten auf semiquantitative Ergebnisse passt weiß viellicht @Sven Helfer ?
Christof Gessner (Apr 20 2021 at 16:54):
Nur der Präzision halber: “semiquantitativ” ist mir zu diffus. Es gibt entweder “ordinale Skalen” oder auch “pseudo-quantitative Skalen” (ist eine Spezialisierung von “ordinal”, zB Schulnoten). Wobei beide zu den “qualitativen Skalen” zählen.
Sven Helfer (Apr 21 2021 at 06:40):
Nur noch mal für mein Verständnis: Eigentlich sind ja "Semiquantitativ" wie gesagt auch "Qualitativ". Der große unterschied liegt doch in der Skalierung, also die Tatsache, dass man Abstufungen hat. Konkret geht es ja meist um den Urinstreifen. Hier ist es vielleicht sogar notwendig, von SNOMED abzurücken, wenn es dort das nicht gibt...
Sven Helfer (Apr 21 2021 at 06:44):
---quatsch---
Sven Helfer (Apr 21 2021 at 06:45):
Okay, ich hab mir die beiden Value sets angeschaut...die sehen doch gut aus...man könnte "negativ" eben noch aufschlüsseln...muss man sich denn auf einen code festlegen?
Elisabeth Pantazoglou (Apr 21 2021 at 06:48):
Christof Gessner said:
Wir brauchen hier m. E. auch eine Konvention, wie spezifisch die "Testcodes" und die "Answercodes" sein sollen. Es scheint mir eine sehr große Spannbreite zu geben, wie solche "qualitativen Tests" strukturiert beschrieben werden können.
So werden z. B. auf EU-Ebene für den Impfnachweis derzeit sehr spezifische Answercodes vorgeschlagen: SNOMED 1240591000000102 bzw. 1240581000000104. Als Testcode soll hier die Nachweismethode angegeben werden (LOINC LP6464-4, LP217198-3, LP6404-0 etc.), dazu die Probenart (SNOMED 258500001, 119297000, etc.) und außerdem mit 840539006 SNOMED dass es sich um einen COVID-19 bezogenen Test handelt.
Uiii, @Christof Gessner LP Codes sollen ja eigentlich meines Wissens so nicht verwendet werden, sie sind ja eher zum Strukturieren gedacht. Kannst du da einen Link schicken?
Sven Helfer (Apr 21 2021 at 07:00):
Sven Helfer said:
Okay, ich hab mir die beiden Value sets angeschaut...die sehen doch gut aus...man könnte "negativ" eben noch aufschlüsseln...muss man sich denn auf einen code festlegen?
Ich würde das "definetly" ggf. rausnehmen und durch etwas wie "negative" ersetzen, aber da ist halt die Frage, wie offen man sein will. Wenn man sagt, man will damit vor allem Streifentests abdecken, dann sollte ein "negative" reichen. Wenn man "alle" "semiquantitativen" Ergebnisse will, dann sollte man vielleicht auch alle Kinder der "Presence" und "Absence" qualifier mit aufnehmen...
Christof Gessner (Apr 21 2021 at 07:45):
@Elisabeth Pantazoglou Die von mir zitierten Value sets sind noch in Abstimmung, bisher nicht öffentlich. Und die Vorschläge werden noch diskutiert, also abwarten. Die Konventionen brauchen wir trotzdem IMHO.
Patrick Werner (Apr 23 2021 at 13:13):
Alexander Zautke said:
Das hier wäre mein Vorschlag für das ValueSet für Qualitative Ergebnisse: https://simplifier.net/medizininformatikinitiative-modullabor/valuesetqualitativelaborergebnisse
ich sehe hier eine Überschneidung in den Konzepten zwischen positiv und detected.
Patrick Werner (Apr 23 2021 at 13:13):
Eine übliche Liste für qualitative Laborstests ist: https://loinc.org/LL759-2/
Alexander Zautke (Apr 26 2021 at 10:56):
@Patrick Werner Stimme ich dir zu, es war hier auch eher der Versuch ein ValueSet zu definieren das Vorschläge aufzeigt. Konkret müsste man sich in einem abgeleiteten Use Case dann dafür entscheiden welches Konzept man verwendet.
Last updated: Apr 12 2022 at 19:14 UTC
